河道包括一般受污染的河道和黑臭河道，其治理应一河一策，但其治理步骤总体相仿，在具体操作过程中要根据实际情况，采用适宜的方法和一定的治理强度。
1.治理四阶段。可分为控制外源、清除内源、消除黑臭和净化水体、修复生物系统4个阶段。即在控制内外源及河水变清后实施修复以植物为主的生物系统，并且保持河水持久清澈和把河道建成良性循环的健康的水生态系统。
2.控制外源、清除内源是常规方法，具体可见"黑臭河道治理思路"。其中，清除淤积不深的有机淤泥，也可采用微生物清除。一般复合微生物1个月可清除10-30cm厚的淤泥中的有机成分。
3.消除黑臭和净化水体，采用微生物、过滤等方法，具体见“黑臭河道治理思路"。
4.生态修复。河道在消除黑臭和一定程度净化后，凡适宜的均应修复以植物为主的生物系统。下列情况不一定修复沉水植物：河道具有非土质的河底或边坡，水流较快，通航河道，水深等。生态修复是在河底、边坡、水体种植适当密度的各类植物，并修复一定密度的动物和鱼类等生物。在确保防洪排涝和航行安全情况下采用合适的生态护坡形式。河道要考虑船行波对护坡影响。若水体基本静止的非土质河底需要修复，可加一定厚度的土层再修复，而边坡直接采用适宜的生态边坡。
5.分段实施。若河道非常长、水位差大或自然条件不同，则可分段生态修复，或可建设或多级橡胶坝等挡水建筑物，适当抬高水位、增加水深及有较平静的水面。
6.加强长效管护。如要有一定的管理费用和相应的管理、责任、生态补偿和奖罚机制。非常长非常宽河道生态修复区要建设一段(块)、管好一段(块)、留住一段(块)、后把各段(块)连起来，完成整体河道的修复。
7.有相当多净化河道的成功经验可借鉴。有相当多人口密度大的城市河道生态修复后多年保持良好水环境和植物良好的生长状态。
